"Hospitalsbrødrene af den hellige Johannes af Jerusalems orden" var ordenens officielle navn. Efter det hvide splitarmede kors på venstre side af brystet på den sorte ordensdragt kaldtes munkene almindeligvis korsbrødrene (crucifiti). Johanniterordenens moderkloster lå før 1 191 i Jerusalem, 1191—1309 på Cypern og efter til 1522 på Rhodos. Dens oprindelige formål var gæstepleje for pilgrimmene til det hellige land, senere blev egentlig hospitalsvirksomhed og endelig kamp mod de vantro hovedformål. De europæiske døtreklostres vigtigste opgave var oprindelige at yde hovedklosteret støtte til sit formål, men efterhånden trådte lokale åndelige og humanitære opgaver mere i forgrunden. For eksempel spillede ikke mindst pleje af spedalske en stor rolle. Af de tre klasser, ordensbrødrene var inddelt i, delict, riddere, præster og tjenende brødre, fandtes i Danmark den første, medens den sidste formentlig var de "fratres laici", der ofte nævnes (den betegnelse for denne klasse var ellers "fratres servientes"). Før 1200 udgjorde Danmark Norge og Sverige prioratet Dacia i tilknytning til ordenens tyske nationalprovins, der styredes af en storprior. Antvorskov, som var indviet til Treenigheden, Jomfru Marie og Johannes Døberen (dets segl fremstillede sidstnævntes hoved mellem to dobbeltkors), var hovedkloster for hele Norden. Det forestodes af en klosterprior og en kirkeprior. Den første, der var den øverste havde tillige overledelsen af alle ordenens klostre i Norden, som han repræsenterede for den tyske storprior, ordenens stormester og paven, ligesom han havde overledelsen af den omfattende godsadministration og i middelalderens senere del ofte indtog en fremtrædende stilling som medlem af rigsrådet. 

Antvorskov blev i tidens løb en hovedrig stiftelse med besiddelser over det meste af riget. Navnlig i 1200-tallet gik det stærkt opad for Antvorskov. Kongerne, der var klosteret velvilligt stemte, indtog senere en køligere holdning, der under Erik Menved blev til forfølgelse. På et 1327 i Antvorskov afholdt provincialkapitel klagedes over, at klosteret var sunket i armod, at brødrene måtte gå om blandt folk med forrevne klæder. Med støtten til moderklostret på Rhodos gik det under disse omstændigheder dårligt. 1347 klagede stormesteren over, at han ikke siden 1310 havde modtaget bidrag fra Dacia. Skønt Antvorskov under Valdemar Atterdag igen fik bedre kår, gentoges denne klage 1365. Senere blev det endnu bedre. Christian I var Johanniterne meget bevågen. Sin bedste støtte havde klostret dog i adelen. En stor del af dets ,jordegods var skænket af adelige, som på deres gamle dage indgav sig i klostret. Et tidligt eksempel herpå er Peder Thygesen (kaldet Rintaff), som 1260 skænkede Antvorskov kloster alt sit gods, mod at få ophold på hospitalet. Andet gods ydedes af adelsmænd som vederlag for sjælemesser og mod at få gravsted i klosterkirken. Over flere medlemmer af slægterne Bille, Rud, Basse, Rosenkrantz, Lunge vides der således at have været ligsten. 

En ejendommelig stilling under Johanniterklostrene indtog de såkaldte Johanniterboer, commender, der forestodes af en commendator. Fra 1311 omtales således hovedgården Svenstrup i Ramsø herred som en commende under Antvorskov. 1454 bortmageskiftede klosteret denne besiddelse til Roskildebispen mod Brorupgård i Skt. Mikkels Landsogn. 1441 skænkede hr. Steen Basse Antvorskov den endnu bevarede Korsbrødregård i Nyborg. Også i Lund havde Antvorskov fra 1311 en commende, som det 1496 bortmageskiftede. Endelig kendes fra begyndelsen af 1400-tallet en commende under Antvorskov i Maschenholt på Rügen, der 1435 havde udviklet sig til et kloster. 

Al priorer på Antvorskov kendes talrige, men det er ikke altid muligt at skelne mellem kloster- og kirkepriorer. Den kendte klosterprior Henrik af Hoenscheid nævnes fra 1266 til omkring 1290 (omtales 1293 som forhenværende prior), han var rigsråd og benyttedes meget af Erik Klipping og under Erik Menveds formynderstyrelse. Af senere (kloster)priorer nævnes Oliver af Seyn fra 1310, Henrik Nielsen 1326-28, Riskulf omkring 1350, Herman af Gholmen 1360-erne; hr. Jens 1383, Albert af lghenhusen 1390, Johannes 1405, hr. Hemming 1419-23, Bent Pedersen (Present) 1428- ca. 1454, der også var rigsråd, hr. Jens Brun 1454-66, hr. Jep Mortensen 1468-90, under hvem klosteret blev ombygget 1472 og kirken 1490 forsynet med et kapel, Peder Pedersen 1492-1502, Hans Povlsen, d. 1503,  Peder Andersen, d. 1504 og Eskil Thomesen 1508-38, der 1516 fik pavelig tilladelse til at bære bispedragt og udøve visse biskoppelige funktioner. Han var rigsråd og er i øvrigt kendt for sit forhold til Hans Tavsen og sin kraftige modstand mod reformationen, I hans tid stillede Christian II store finansielle krav til Antvorskov, og Eskil Thomesen var da også blandt hans stærke modstandere.