Svogerslev kirke Hekseproces Kort over byen

I reformationen var Roskilde en af katolicismens faste borge, og reformationen forplantede sig derfor meget sent til Svogerslev. I et brev fra 1537 til kong Christian III beklager en hr. Joh. Bugenhagen, at "skønt Domherrerne i Roskilde havde underkastet sig den ny Tingenes Orden (reformationen), så forhindrede de dog ved deres uduelige og ulærde kapellaner (der betjente landsognene omkring Roskilde) de stakkels bønder adgangen til evangeliet". Der skete dog forbedringer, da Hans Tavsen kort efter kom som læsemester til Roskilde og forsamlede kapellanerne til forelæsninger. Der var dog langt til "at den evangeliske tro kunde trænge ind til Hjærtet af den i Uvidenhed og Overtro nedsænkede almue".

Efter reformationen lå Svogerslev og Kornerup sogn i skyggen af domkirken i Roskilde. Kornerupperne måtte ved almindelig søndagsbrug gå i kirke i Svogerslev, og tjenesten i begge sogne blev foretaget af aftensangspræsten i Roskilde. Den dårlige kirkelig pleje medførte, at overtroen florerede, hvilket også fremgår af en trolddomssag fra 1549 mod Elline Mørk. Hun blev brændt på bålet for at have helbredt flere ved besværgelse i vand og urtehelbredelse. Lige før henrettelsen skulle hun have sagt, at "alle andre, som djævelens kunst kan, samles her omkring, og at djævelen udi helvede var deres høvedsmand."