Forstørrelse Vor Frue Kirke Legenden om grundlæggelsen Absalons indsats Vor Frue Klosterets økonomi Klostrets afvikling Danske klostre

Vor Frue Kloster (eller Skt. Maria Kloster) ved Vor Frue Kirke blev grundlagt af landprovst Isak som bolig for nonner af benediktinerordenen. Der knytter sig en legende til grundlæggelsen af klosteret ved kirken.

Det er Absalon, der af sin personlige formue giver grundlaget for klosterbyggeriet. Ved sin død testamenterer han også gods fra sin fædrenearv i Fjenneslev samt en gård i Hove til klostret. Han skænkede også klostret bispetienden af Roskilde by. Klosteret fik tidligt et søsterkloster, Skt. Marien på Rygen. Absalon laver klosterordenen om fra benediktinerregelen (som man bevarede på Rygen) til cistercienserordningen. Det er ikke tilladt for cisterciensere at eje kirker eller hele landsbyer, men da Vor Frue Kloster ejede alle disse ting i forvejen, fik man af det pavelige kancelli dispensation og fik lov til at beholde det, man ejede. Måske passer det ikke, at klosteret oprindeligt har fulgt benediktinerregelen. Det kan være en konstrueret historie, som så netop var blevet lavet for at klostret kunne eje kirker og landsbyer. Det var ikke kun Absalon, som støttede klosteret. Kongeslægten gjorde også. Efter nogle år gik kongeslægten dog over til at støtte cistercienserklosteret i Slangerup i stedet for.

Omkring 1190 får klosterkirken et større kor ved, at der bygges en apsis til. Nonnerne kunne som kvinder ikke selv forrette messer, og derfor måtte de heller ikke være i koret. Udvidelsen har sikkert også været et helgenkapel for den Hellige Margrethe af Højelse. Klosterbygningerne blev opført syd for kirken omkring en gård. Rester af nordre og vestre fløj blev fundet under en udgravning i 1934.

Det rige kloster klarede sig så godt, at man allerede 1193 kunne grundlægge en datterstiftelse i Bergen på Rügen, indviet til Vor Frue og pave Lucius. Sorø klosters abbed skulle føre tilsyn med frueklostrene i Roskilde og Bergen.

Efter reformationen blev nonnerne stillet  over for valget, om de ville blive eller rejse bort.